Флеш поверх сайта

Видимо, все таки плохо искали.

Для начала, чтобы вставить что-либо поверх сайта, нужно ознакомится с css свойством absolute.

Этот параметр указывает куда располагать блок. Для примера у меня слой с жучками имеет такие свойства

#lights {
    height: 90px;
    left: 50%;
    margin-left: 320px;
    position: absolute;
    top: 60px;
    width: 162px;
}

position: absolute – указывает, что слой будет позиционироваться абсолютно. top – расстояние в пикселях от верхней границы родительского слоя (в данном случае от окна браузера). Если бы слой с жучками лежал в другом слое, который тоже бы имел position: absolute или relative, то этот слой считался бы родительским и положение вложенного слоя считалось бы от края этого.

left: 50% – говорит о том, что позиционировать нужно в центре страницы.

margin-left: 320px – что нужно сделать отступ слева от середины страницы на заданное кол-во пикселей.

Ну в общем, это все есть в любом учебнике css, а вот с флешем сложнее. Но вам повезло, я уже писал как вставлять флеш с прозрачным слоем на странички.